La historia de la Copa Argentina dio comienzo en el año 1969, donde se realizó la primera edición. Dicha Copa no tuvo como participante a Vélez, debido a que El Fortín era el campeón del Torneo Nacional 1968 y había obtenido la clasificación a la Copa Libertadores 1969, competencia que finalmente desistió de participar.

La segunda edición, en 1970, si tuvo participación y fue gran protagonista, llegando a las finales .Esa Copa tuvo un hecho histórico: en los 16 avos de final, donde Vélez enfrentó a  Argentinos del Norte (Tucumán) e igualó 2 a 2, lo que produjo que la fase debiera definirse por penales, siendo esta la primera definición de Vélez en su historia, la cual terminó ganando por 4 a 2. En octavos de final el rival  fue Instituto de Córdoba  empate 0 a 0 en la ida y victoria de Vélez 2 a 0 en la vuelta (ambos partidos en Córdoba). Ya en cuartos de final, el rival fue Chacarita Juniors y, en ambos partidos, fue victoria de Vélez por 1 a 0 y 2 a 1, clasificando de esta forma a las semifinales, donde se cruzó a Racing, rival al que también derrotó en los dos partidos, ambos por un marcador de 3 a 2. Llegaría la gran final, la misma decidía al campeón en dos partidos. La primera final se disputó en el estadio de Atlanta y el resultado fue 2 a 2. Había que disputar el partido de vuelta y aquí comenzaron las complicaciones, debido a que el campeón de la Copa Argentina clasificaba a la Recopa (también llamada Copa Ganadores de Copa) de clubes, un torneo organizado por aquel entonces por la CONMEBOL (Confederación Sudamericana de Futbol), en la cual participaban equipos que no disputaban la Copa Libertadores y que habían ganados torneos o copas regionales. La CONMEBOL determinó que la Recopa comenzaría a ser una competencia de carácter amistoso, lo que terminó determinando que el partido de vuelta entre Vélez y San Lorenzo no se dispute y hasta el día de hoy, esa edición de la Copa Argentina, quedó inconclusa, sin definir a su campeón.

La Copa Argentina recién volvió a disputarse en 2012 y la AFA decidió que participen equipos de todas las categorías del futbol argentino, incluyendo aquellos que juegan los regionales y los del interior del país. Vélez debutó en los 16 avos de final en el Estadio Padre Martearena de Salta frente a Racing de Trelew, quienes se enfrentaban por primera vez en su historia. El Fortín, con muchos suplentes en su equipo, se llevó la victoria aquella tarde-noche por 2 a 0 con goles de Iván Bella y Héctor Tito Canteros. En octavos de final le tocó el turno de enfrentar a Rosario Central, también en la provincia de Salta. Esa noche, el partido finalizó igualado 1 a 1 (goles de Lucas Pratto y Jesús Méndez), lo que llevó a que la fase sea definida por definición desde el punto del penal. El conjunto resarino se llevó la victoria  por 5 a 4.

En la copa del año 2013 Vélez fue eliminado en la provincia de Catamarca (primera vez que  disputó un partido en esa provincia) de forma rápida y sorpresiva frente a Olimpo de Bahía Blanca, equipo que venía puntero del Torneo Nacional B, pero que aquella noche puso en cancha un equipo plagado de suplentes. El partido finalizó igualado 0 a 0 y el elenco de Bahía Blanca se llevó la victoria en los penales por 4 a 2.

En la edición 2014, Vélez volvió a quedar eliminado en los 16 avos de final, pero en este caso frente a Estudiantes de Buenos Aires, equipo de la B Metropolitana. El partido se disputó en el estadio de Lanús y el conjunto de Caseros se llevó la victoria por 2 a 0 con goles de Julio Serrano y Facundo Cardozo e/c.

Para sorpresa de muchos la edición de 2015 fue la mejor edición de la copa en la era moderna para Vélez. Dicho año fue futbolísticamente muy malo para El Fortín, donde terminó en el puesto 27 de la tabla del campeonato, pero llegó a  cuartos de final de la Copa Argentina. El Debut fue frente Acassuso en el estadio de Instituto de Córdoba, y Vélez con autoridad venció al equipo que por aquel entonces militaba en la B Metropolitana por 3 a 0 con dos goles de Milton Caraglio y un gol de Emiliano Amor. En octavos de final, la sede también fue el estadio de Instituto de Córdoba y Vélez enfrentó a Gimnasia de La Plata. Lo venció a pocos minutos del final por 1 a 0 con gol de Milton Caraglio de penal. En cuartos de final el rival fue Lanús y el partido se disputo en el estadio de Arsenal de Sarandí bajo una intensa lluvia y mucho frio. El conjunto granate se puso 1 a 0 con gol de Sergio González (32’ PT) y a pocos minutos del final del partido Milton Caraglio (44’ ST) convirtió de penal el empate, lo que llevo al partido a definirse por penales. Lanús se quedó con la victoria por 4 a 2, desde los 12 pasos.

En la edición del año 2016 el debut por  los 32 avos de final, fue en la provincia de  Formosa frente a Sportivo Barracas.  Vélez venció al conjunto de la Primera C del futbol argentino   ll por 1 a 0 con gol de Mariano Pavone (5’ PT). En los 16 avos el rival fue Juventud Unida de Gualeguaychu, equipo del Nacional B y el partido se disputó en el estadio de Arsenal. A pocos minutos del final, Mariano Pavone marcó el 1 a 0, pero cuando el partido terminaba, igualó el conjunto de Entre Ríos y llevó a la definición por penales. EL Fortín cayó  por 4 a 3, extendiendo su racha de no ganar en una definición por penales a 1997, donde aquella vez  derrotó a River en Japón por la final de la Recopa.

Sin dudas la historia de Vélez ha sido muy variada en la Copa Argentina. Hubo pocas alegrías y  muchos disgustos. En la edición 2017 debutará en la provincia de Formosa frente a Leandro N. Alem, equipo que actualmente se encuentra puntero en la Primera D del futbol argentino y que es dirigido por un ex Vélez y actual jugador del futbol senior del club, Daniel Cordone. Sera la primera Vez que El Fortín enfrente a un equipo de la Primera D.

En el siguiente cuadro detallamos los partidos de Vélez en las distintas Copas Argentina:

AÑO	FASE	RIVAL	ESTADIO	RESULTADO	GOLEADORES
1970	1ra Ronda	Argentinos del Norte	San Martín (T)	0-1	----
1970	1ra Ronda	Argentinos del Norte	San Martín (T)	2-1*	Miguel Benito (2)
1970	2da Ronda	Instituto Cba	Instituto Cba	0-0	----
1970	2da Ronda	Instituto Cba	Instituto Cba	0-2	Miguel Benito (2)
1970	4tos de Final	Chacarita	Chacarita	0-1	Kaneko
1970	4tos de Final	Chacarita	Vélez	2-1	Maturo- Nieva
1970**	Semifinal	Racing	Atlanta	3-2	Ríos-Palavecino-Benito
1970	Semifinal	Racing	Atlanta	3-2	Bentrón-Mecca-Oruezabal
1970	Final	San Lorenzo	Atlanta	2-2	Benito-Mecca
2012	32vos	Racing Trelew	Martearena (Salta)	2-0	Bella- Canteros
2012	16avos	Rosario Central	Martearena (Salta)	1-1 (4-5)	Pratto
2013	16vos	Olimpo BB	Catamarca	0-0 (2-4)	----
2014	16vos	Estudiantes Bs As	Lanús	0-2	----
2015	16vos	Acassuso	Instituto Cba	3-0	Caraglio (2) - Amor
2015	8vos	Gimnasia LP	Instituto Cba	1-0	Caraglio (p)
2015	4tos	Lanús	Arsenal	1-1 (2-4)	Caraglio (p)
2016	32vos	Sportivo Barracas	Formosa	1-0	Mariano Pavone
2016	16vos	Juventud Unida ER	Arsenal	1-1 (3-4)	Mariano Pavone

*Ganó Vélez por penales 4-3 (todos los penales los pateó Zottola)

**Los partidos de semifinales y la final de la Copa se jugaron en 1971

Osvaldo Ch. Rao, con colaboración de Mariano Maceiras